Η ιστορία του Αστεροσκοπείου Στεφανίου ξεκινά την άνοιξη του 1964, όταν μια ομάδα διακεκριμένων Ολλανδών αστρονόμων, συνοδευόμενη από τον καθηγητή Γεωδαιτικής Αστρονομίας του Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης Λυσίμαχο Ν. Μαυρίδη, επισκέφθηκε για πρώτη φορά το Στεφάνι αναζητώντας την ιδανική τοποθεσία για την εγκατάσταση ενός ολλανδικού αστρονομικού σταθμού στην Ελλάδα. Το όραμά τους αποτέλεσε την αφετηρία μιας μοναδικής διεθνούς επιστημονικής συνεργασίας.

Μέχρι το 1967, το Αστεροσκοπείο Στεφανίου είχε ήδη εξελιχθεί σε σημείο συνάντησης της ευρωπαϊκής αστρονομίας. Αστρονόμοι και ερευνητικά ιδρύματα από την Ελλάδα, τη Γερμανία, την Ολλανδία και τη Γαλλία ένωσαν τις γνώσεις, την εμπειρία και τα τηλεσκόπιά τους, μετατρέποντας ένα μικρό χωριό της Πελοποννήσου σε σημαντικό κέντρο αστρονομικής έρευνας.
Στα πρώτα όργανα που λειτούργησαν στο Στεφάνι συγκαταλέγονταν ένα κατοπτρικό τηλεσκόπιο 38 εκατοστών και ένα UBV φωτοηλεκτρικό φωτόμετρο από το Αστεροσκοπείο του Αμβούργου, ένας σταθμός παρακολούθησης τεχνητών δορυφόρων του Γαλλικού Εθνικού Κέντρου Διαστημικών Μελετών (CNES), καθώς και το κατοπτρικό τηλεσκόπιο Van Straaten των 40 εκατοστών του Ολλανδικού Σταθμού Παρατηρήσεων Νοτίου Ημισφαιρίου (N.E.S.O.S.), το οποίο εξυπηρέτησε την ολλανδική αστρονομική κοινότητα από το 1967 έως το 1973.

Ένα νέο κεφάλαιο άρχισε τον Ιούνιο του 1971, όταν το Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης εγκατέστησε στο Αστεροσκοπείο το κατοπτρικό τηλεσκόπιο Cassegrain των 30 ιντσών (76 εκ.) — το πρώτο σύγχρονο ερευνητικό τηλεσκόπιο της Ελλάδας και, εκείνη την εποχή, το μεγαλύτερο στην Ελλάδα και τα Βαλκάνια. Για σχεδόν τέσσερις δεκαετίες αποτέλεσε την καρδιά της επιστημονικής έρευνας στο Στεφάνι, καθιερώνοντας το Αστεροσκοπείο ως ένα από τα σημαντικότερα διεθνή κέντρα μελέτης των μεταβλητών αστέρων με ειδίκευση στους αστέρες εκλάμψεων.

Μετά τη μεταβίβασή του στον Δήμο Κορινθίων το 2014, το Αστεροσκοπείο Στεφανίου άνοιξε ένα νέο κεφάλαιο στην ιστορία του. Έπειτα από εκτεταμένα έργα αποκατάστασης και αναβάθμισης των εγκαταστάσεών του κατά την περίοδο 2020–2024, το ιστορικό αυτό κέντρο αστρονομικής έρευνας απέκτησε νέα δυναμική. Βασισμένο στη σπουδαία επιστημονική του κληρονομιά, η αποστολή του σήμερα συνδυάζει την αστρονομική έρευνα με την εκπαίδευση, τη διάδοση της επιστήμης και την προαγωγή της Επιστήμης των Πολιτών.

Σε συνεργασία με το Εθνικό Αστεροσκοπείο Αθηνών και το Πανεπιστήμιο Πατρών, συμμετέχει ενεργά σε σύγχρονα ερευνητικά προγράμματα, όπως το ExoClock, το οποίο υποστηρίζει την προετοιμασία της διαστημικής αποστολής ARIEL του Ευρωπαϊκού Οργανισμού Διαστήματος (ESA), ενώ παράλληλα υποδέχεται με την συμβολή της Αστρονομικής Ένωσης Κορίνθου “ΑΣΤΕΡΙΩΝ” σχολεία, επισκέπτες και ερασιτέχνες αστρονόμους, προσφέροντάς τους τη δυνατότητα να γνωρίσουν το Σύμπαν μέσα από την παρατήρηση και την ανακάλυψη.